会社合併ではどのような税金が発生する？2つの種類の合併を解説

企業が成長を加速するための組織再編の中でも、会社合併は複数の会社の技術を取り入れることによる相乗効果を期待できる方法です。

しかし、税負担に不安を感じられている方もいらっしゃるのではないでしょうか。

会社合併で発生する税金は合併の種類によって異なります。

本記事では、会社合併の2つの種類と、それぞれの合併に伴って発生する税金について解説します。

会社合併とは

会社合併とは、法律上独立していた2つ以上の会社が1つの会社組織に統合される法的手続きのことをいいます。

合併が行われると、合併される会社のすべての資産や権利義務関係が、存続する会社（または新設される会社）へ包括的に承継されます。

会社合併で発生する税金は合併の種類によって異なる

会社合併で発生する税金は、適格合併か非適格合併かによって異なります。

それぞれの合併の概要と、具体的に発生する税金の種類は、以下の通りです。

適格合併

適格合併とは、税法上定められた一定の要件をすべて満たしている合併のことです。

主に合併法人と被合併法人の間に完全支配関係がある場合や、共同事業を行うための合併である場合などが該当します。

完全支配関係は、一方が他方の発行済株式の全部を直接または間接に保有している関係などです。

また、共同事業を行うための合併については、合併前の事業の主要な部分が合併後も引き継がれて継続されることや、両社の事業に関連性があることなどの要件を満たしている必要があります。

適格合併が行われると、税務上は資産の移転が帳簿価額のまま引き継がれたとみなされます。

つまり、合併に伴って保有資産の含み益に対して直ちに法人税が課税されることはありません。

適格合併において税金が発生しない仕組みの背景には、資産の価値が移転時点の時価ではなく、元の帳簿価額のまま引き継がれるという課税の繰り延べの原則があります。

含み益が表面化しないため、会社間の資産移動であっても実質的な売買益が発生したとはみなされず、法人税の課税対象から外れることになります。

さらに、適格合併を選ぶことで、被合併法人の有していた繰越欠損金の引き継ぎ制限のような実務上の影響が緩和されるケースがあり、企業の財務健全性を保つうえで大きなメリットとなります。

ただし、不動産取得税や登録免許税など、組織再編に伴う各種の諸税や実務上の手続きにかかる費用は別途発生するため、完全に無税で行えるわけではない点に注意が必要です。

また、適格合併の要件を維持し続けるための継続的な管理や、将来の申告に向けた適切な経理処理が求められます。

この仕組みは企業の組織再編に対する税負担のハードルを下げ、円滑な経営統合を支援することを目的として設けられています。

非適格合併とは

非適格合併とは、適格合併の要件を満たさないすべての合併のことをいいます。

非適格合併に該当する場合、税務上は消滅する会社が保有していたすべての資産や負債が、時価で譲渡されたものとして取り扱われます。

そのため、合併時点における資産の含み益に対しての課税が発生することになります。

主に発生する税金の種類は、次の通りです。

第一に、合併される会社の資産や負債が時価評価されることに伴う法人税が挙げられます。

含み益のある不動産や有価証券などが移転する場合、その時価と帳簿価額の差額が利益としてみなされ、合併される会社の最後の事業年度において法人税が課されることになります。

納税義務は原則として合併を引き継ぐ存続会社が引き受けることになるため、事前の資金計画が不十分であると企業のキャッシュフローに悪影響を及ぼすおそれがあります。

第二に挙げられるのは、不動産が含まれている場合に発生する不動産取得税や、登記を行う際に必要となる登録免許税などの地方税です。

非適格合併では特例の適用範囲が限定されるため、移転する不動産の価格に応じた税金が発生します。

さらに、合併の対価として株主に交付される金銭などの資産がある場合には、株主側においてもみなし配当課税や譲渡所得税が課されます。

非適格合併とみなされて税負担が重くなるリスクを避けるためには、合併前にグループ再編を行い資本関係を調整したり、株主構成の見直しを行ったりすることが有効です。

まとめ

本記事では、会社合併の概要と、会社合併で発生する税金の種類について解説しました。

会社合併で発生する税金は、適格合併か非適格合併かによって異なります。

そのため、合併に伴う税負担を抑えるためには、事前のシミュレーションなどを活用して適格合併の実施を目指すことが効果的です。

会社合併に際して税負担を軽減させたいとお考えの方は、税理士に相談することを検討してください。