法人の税務調査とは？流れと税理士に依頼するメリットを解説

会社経営を行っていると、いつか直面する可能性があるのが税務調査です。

事前に調査の流れやポイントを理解しておくことで落ち着いて対応できます。

本記事では、法人の税務調査の基本的な流れと税理士に依頼するメリットについて解説します。

税務調査とは

税務調査とは、法人が申告した税額や申告内容が適正であるかを確認するために、税務署などが実施する調査のことです。

法人税や消費税、源泉所得税などを対象に、帳簿や証拠書類（領収書や請求書など）をもとに処理の正確性がチェックされます。

特定の企業だけが対象となるものではなく、すべての法人に調査が行われる可能性があります。

税務調査の種類

税務調査には任意調査と強制調査の2種類があります。

任意調査

一般的に行われる税務調査は「任意調査」と呼ばれるもので、事前に通知があったうえで実施されますが、個別に必要と判断された場合については、「無予告」で調査される場合もあります。

企業の協力のもと進められ、通常の税務調査はこの形式が中心となります。

強制調査

一方で、重大な不正や脱税の疑いがある場合には「強制調査」が行われることがあります。

これは国税局の査察部が実施するもので、いわゆるマルサと呼ばれる調査です。

本記事では、一般的な税務調査である任意調査について解説します。

税務調査の対象となりやすい法人の特徴

税務調査の対象となりやすい法人には、いくつかの共通する特徴があります。

現金取引が多い業種

飲食業や小売業など、現金での取引が多い業種は、売上の計上漏れが発生しやすいと見られる傾向があります。

日々の売上記録や現金の管理を正確に行い、帳簿との整合性を保つことが重要です。

売上規模が大きい法人

売上規模が大きい法人は、税額への影響も大きくなるため、優先的に調査対象となる傾向があります。

ただし、規模だけで判断されるわけではなく、申告内容や業種特性なども踏まえて総合的に選定されます。

業績に大きな変動がある場合

前年と比べて売上や利益が大きく増減している場合は、その要因や処理内容について確認される可能性があります。

とくに利益が大きく減少している場合は、経費の計上が適正かどうかや、売上計上のタイミングなどが重点的にチェックされる傾向があります。

長期間調査を受けていない場合

長年にわたり税務調査が行われていない法人も、調査対象となることがあります。

税務署は一定の周期で調査を行う傾向があるため、とくに問題がなくても選定されるケースがあります。

消費税の還付が発生している場合

消費税の申告において還付が生じている場合、その内容が適正かどうかを確認するために調査が行われることがあります。

還付申告は税務署にとって確認の重要度が高いため、通常よりも慎重にチェックされる傾向があります。

税務調査の基本的な流れ

税務調査は、事前通知から調査終了まで一定の流れに沿って進められます。

事前通知

通常、調査の前に税務署から電話や書面で連絡があります。

調査日程や調査の対象期間、調査官の人数などが伝えられます。

実地調査（当日）

調査当日は、税務署の担当者が会社を訪問し、帳簿や資料の確認を行います。

売上計上のタイミングや経費の内容などについて質問されることもあります。

通常会社への臨場は1日〜3日程度で終了しますが、規模によっては期間が延びる場合もあります。

調査結果の説明

調査終了後、数日から数週間程度（内容によっては数か月）で調査結果についての説明が行われます。

修正事項がなければ是認となり、その時点で調査は終了します。

一方で修正事項がある場合には、その内容について説明を受け、企業側が了承すれば修正申告を行うことになります。

なお、指摘内容に納得できない更正などの課税処分を受けた場合には3か月以内に、税務署長に対し「再調査の請求」や、選択により国税不服審判所長に対して「審査請求」を行うこともできます。

修正申告・納税

指摘内容に基づき修正申告を行い、不足分の税額を納付します。

場合によっては加算税や延滞税が発生することもあるため注意が必要です。

税理士に依頼するメリット

税務調査において税理士へ依頼することで、さまざまなメリットが得られます。

調査対応の効率化と期間短縮

税理士に依頼することで、調査前の準備から当日の対応までスムーズに進めることができます。

専門的な視点で資料の整理や事前確認を行い、調査官とのやり取りも的確に対応できるため、調査が長期化するリスクを抑えることが可能です。

追徴課税リスクの軽減

税理士は税務の専門家として、法令に基づいた適切な対応を行うことができます。

曖昧な説明による誤解を避けることで、不要な修正申告や追徴課税のリスクを軽減できる点が大きなメリットです。

負担軽減と安心感の確保

税務署とのやり取りや日程調整を税理士に任せることができるため、対応にかかる時間や手間を削減できます。

また、専門家が立ち会うことで心理的な不安の軽減にもつながります。

まとめ

法人の税務調査は、事前準備と適切な対応が重要です。

流れを理解しておくことで、落ち着いて対応することができます。

税務調査について不安がある場合は、お気軽に当事務所までご相談ください。